农业文化遗产大致可分为大小两个不同的概念，大农业文化遗产指人类在历史上创造并传承或保存至今的传统农业生产知识与生活知识，而小农业文化遗产则仅指农业生产知识与经验。在保护农业文化遗产的过程中，秉承大农业文化遗产概念比秉承小农业文化遗产概念要更为重要。

　　农业文化遗产保护首先是指对传统农业耕作技术与经验——如对传统育种技术、耕种技术、灌溉技术、排涝技术、病虫害防治技术以及收割储藏技术等农业生产经验实施整体保护。其次是指对传统农业生产工具实施全面保护。传统农耕技术所使用的基本动力来自自然，且基本上可以做到无害化运作与无本经营。它在满足农村加工业、灌溉业所需能量的同时，也有效地避免了现代工业文明所带来的种种污染和巨大的能源消耗。第三，是指对传统农业生产制度实施有效保护。农业生产制度是人类为维护农耕生产秩序而制定出来的一系列规章、制度、法律(以乡规民约为代表的民间习惯法)、道德伦理规范以及与之相适应的民间禁忌等等。第四是指对传统农耕信仰、民间文学艺术等实施同步保护。第五是指对当地特有农作物品种实施有效保护。在全球一体化的今天，随着当代杂交稻等优良的人工品种的普及，农作物已经呈现出明显的单一化倾向。这不但为农作物病虫害的快速传播创造条件，同时也严重地限制了当代人对农作物品种的多重选择。更为严重的是，农作物品种的单一化还会严重地影响到全球物种的多样性，从而给人类带来更大的灾难。

　　当然，作为一种新型遗产项目，农业文化遗产的保护也面临诸多难题。首先是态度问题。有人会认为，传统农业非常落后，因此必将为现代农业所取代。其实，将传统与现代对立起来本身就不是科学的态度。事实上，我们的祖先在历史上创造出过非常先进的农耕文明，这些传统农耕技术与经验巧借自然力量，成功地解决了传统农村社会地广人稀、劳动力不足等问题，为人类社会的进步立下了汗马功劳。这些传统技术非但不落后，相反，恰恰代表了当时先进农业的前进方向。今天我们不应该用现代化取代传统，而是应该在充分继承传统农业遗产的基础上，创造新型农业技术，从而使之更加科学，更加合理。其次，要对传统农业遗产抱以更多的宽容。传统农业文明常常与农耕信仰有关。这些信仰的存在对于维系社会秩序，净化人类心灵，保护大自然等都曾发挥过十分重要的作用，但作为一种古老的母亲文化，在它们身上也难免会留下些许往昔的痕迹。在保护农业文化遗产时不能因噎废食，只要利大于弊，都应予以保护。其三，加强对农业遗产的活态保护。作为农业生产经验的农业文化遗产，通常都是以鲜活的状态存在并服务于民间社会的。将某些农业遗产原原本本记录下来，或是将它们做成标本放进博物馆固然可以，但这并非是我们保护农业遗产的最终目标。我们的最终目标是想让这些人类历史上所创造出来的农业生产经验在新的历史条件下能够得到进一步的传承与弘扬，否则，保护农业文化遗产便会失去其应有的意义。